南京市红十字医院惠民医疗工作始于医院前身——中国红十字会总会南京分会诊疗所，是当时南京唯一面向广大平民的免费医疗机构，对南京市低保人群和外来务工人员等困难群体实施“五免五减半”等优惠政策。2002年8月，医院被市政府确定为南京市惠民医院，时任南京市委书记李源潮亲自挂牌，同时成为全国首家惠民医院。仅2016年，1万余人次享受住院优惠政策，近3万人次得到门诊救助。

经过多年的发展，南京市红十字医院惠民医疗工作诊疗范围、诊治病种、服务人群范围不断扩大，社会影响力显著提升，得到了社会广泛好评。